毛细管空调在室内环境健康、舒适度方面的贡献确实是传统空调无可比拟的。但从来不存在百分百完美的东西。它也有自己的缺点： 1、毛细管空调由于对温湿度的精准把控，能够提供的高舒适性室内环境，因此相对对于围护结构和门窗要求会较高，科技住宅的外保温和隔热门窗会做的非常到位。目前由于国家强制的节能规定，开发商在这方面已经比较良心，基本都能做到满足毛细管空调的需求。
 
2、由于毛细管是作为冷暖辐射面铺设在地面和天花板，在夏季工况下，辐射面是低温辐射面，如果有湿热空气的涌入就会导致辐射面结露，长久会导致霉变。所以开放商通常的做法是窗户不可开启或者是减小开启。同时搭配除湿新风系统，通过加大风量去除结露可能。
 
搞懂原理之后，接下来分析结露的可能：因为毛细管与其他辐射空调系统不同，夏季水温相对属于高温水17/19℃，辐射面的温度在22℃，而夏季室内的露点温度一般不高于14℃，相对来讲结露的可能性已经非常小。现在相当多的开发商已经通过控制系统解决了结露问题，就是通过露点探测器进行露点监控，做到系统的及时启停，预防结露。因此这相对并不是一个大问题，否则也不会有大批的开发商跟上了。
 
3、设计难度会有所上升，在顶棚造型方面，暖通设计师需要与室内设计师需要更加深度的沟通。比如在天花需要做造型的区域，把毛细管空开，预留木龙骨等方法，这些都会增加室内设计的难度。但同样会丰富设计的深度，拓展室内设计的维度。当然最适合毛细管的是德式风格的室内设计，因此毛细管空调在德国的应用相对更为广泛