毛细管空调的设计可按如下步骤进行： （1）确定室内设计参数
 
室内的设计参数（空气温度、相对湿度和露点温度）的确定，除了考虑室内参数综合作用下的舒适条件外，还应依据室外气温、经济条件和节能要求进行综合考虑。
 
（2）负荷计算
 
毛细管空调末端夏季供冷时表面不允许结露，必须在干工况下工作，因此负荷设计计算必须精确。负荷计算包括显热负荷、室内湿负荷（潜热负荷）及保证健康环境必须的新风系统。
 
（3）确定辐射板形式和面积
 
根据建筑结构特点和使用要求及技术经济比较确定辐射的形式。并从制造商或其他来源了解单位面积供冷/热能力等性能参数。根据辐射供冷/热需承担的负荷量和辐射板单位面积供冷/热能力计算辐射板面积。
 
（4）水系统设计
 
首先根据辐射板的设计供冷/热量、管径及室内空气露点温度确定冷热媒参数（进水温度、进出水温差、水流量 、水流速）。然后在此基础上可作水系统设计，包括水流阻力损失确定，水泵选型，水系统形式选择等。
 
（5）新风系统设计
 
新风系统的设计主要是气流组织设计及除湿机的选用。除湿机主要承担室内湿负荷及新风负荷，确保辐射末端供冷时正常工作；合理的气流组织能以满足室内所需的最小新风量让室内人员呼吸到足够的新鲜空气。根据新风系统要承担的负荷及人体舒适条件确定送风量、送风温度、送风速度参数，同时确定送风分布器形式，进行风机选择和风管设计布置。
 
（6）冷、热源选择
 
由于毛细管空调系统夏季供冷时水温相对较高，冬季供热时水温相对较低，冷、热源设备能效比常规产品提高了30%。不同的能源形式如土壤源热泵、水源热泵、太阳能集热器、风冷热泵等均可使用，使自然能源（如地下水）夏季直供成为可行。
 
（7）控制系统
 
区域系统水阀上的热电调节装置会根据室内温度控制器传来的信号进行控制。每个区域设有一个露点感应器。当有结露危险时，即使房间温度高于温度也会将区域系统关闭，或者根据室内相对湿度或室内空气的焓值逐步提高系统供水温度。
 
随着露点温度的上升，毛细管空调系统的表面温度和制冷量虽然都降低了，但是系统可以连续运行。当室内湿度再次降低，没有结露危险的时候、系统就可以调整到正常模式。